福建省政府近年来高度重视电子政务安全，通过部署多层次防火墙、入侵检测系统和数据加密技术，构建了覆盖全省的网络安全防护体系。以福州、厦门等核心城市为试点，福建率先实现政务云平台等保三级认证，并定期开展渗透测试与漏洞扫描，确保关键信息基础设施安全稳定运行。福建的数字化治理经验已成为全国标杆，其中闽政通APP的用户数据保护措施更是获得中央网信办专项表彰。
在《数据安全法》框架下，福建创新推出"数据沙箱"监管模式，对医保、社保等敏感数据实行分级分类管理。泉州数字经济产业园建立的区块链存证平台，已实现全省85%政务数据的可信流转。特别值得一提的是，福建在全国首创的政务数据开放负面清单制度，既保障了公民隐私权，又促进了公共数据的合规开发利用，这种平衡发展理念正在被更多省份借鉴。
福建结合本省特色产业需求，将等保2.0标准与数字福建建设深度融合。在漳州跨境电商综合试验区，海关、税务等部门的系统均已完成等保二级以上改造，并引入AI驱动的动态权限管理系统。福建还特别注重基层单位合规建设，通过省级财政补贴方式，帮助南平、三明等山区市县完成政务系统升级，真正实现了全省政务安全一盘棋。
面对台风等自然灾害频发的特点，福建建成"两地三中心"政务云灾备体系，主数据中心位于福州滨海新城，异地备份中心设在龙岩市。这套系统在2023年"杜苏芮"台风期间经受住考验，保障了全省2000多个政务应用不间断运行。福建正以此为基础推进闽台云计算合作，平潭综合实验区已建成海峡两岸首个跨境政务数据备份中心，为探索两岸数字融合提供了重要支撑平台。